蛋白质分解的过程主要包括胃内初步消化和小肠内彻底分解两个阶段，涉及胃蛋白酶、胰蛋白酶等多种消化酶的作用。
蛋白质进入胃部后，胃酸使蛋白质变性展开结构，胃蛋白酶原被激活为胃蛋白酶。胃蛋白酶将大分子蛋白质切割成多肽片段，但此时分解不完全。胃内消化受胃酸分泌量、食物停留时间等因素影响，高蛋白饮食可能延长胃排空时间。
食糜进入十二指肠后，胰腺分泌的胰蛋白酶原被肠激酶激活为胰蛋白酶，继而激活糜蛋白酶、羧肽酶等。这些酶协同作用将多肽分解为更小的肽段，最终由肠黏膜细胞表面的氨基肽酶和二肽酶水解为氨基酸。胆汁酸盐在此过程中帮助乳化脂肪包裹的蛋白质复合物。
蛋白水解酶多以无活性的酶原形式分泌，需在特定部位被激活。胰蛋白酶原需经肠激酶切割才能产生活性，这种级联激活机制可避免胰腺自消化。遗传性酶原激活障碍可能导致蛋白质吸收不良综合征。
分解产生的氨基酸通过肠上皮细胞膜上的主动转运系统吸收，中性氨基酸、碱性氨基酸和酸性氨基酸各有专属转运载体。吸收后的氨基酸经门静脉进入肝脏，部分参与肝脏代谢，其余进入体循环供组织利用。
蛋白质分解受神经体液调节，迷走神经兴奋和胃泌素促进胃酸分泌，胆囊收缩素刺激胰酶释放。胰岛素和生长激素可增加氨基酸转运载体表达，而长期饥饿时肌肉蛋白分解增强以维持血糖稳定。
保持规律饮食有助于维持正常蛋白质消化节律，避免暴饮暴食加重胃肠负担。消化功能较弱者可选择易消化的优质蛋白如乳清蛋白，适当补充复合维生素B族有助于酶系统功能。若出现持续腹胀、粪便含未消化食物残渣等蛋白质消化不良症状，建议及时就医评估胰腺外分泌功能。
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